Doktorarbeit / Diplomarbeit: Identifizierung des molekularen Targets von Abyssomicin und Proximicin

February 3, 2008

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Das Screening von Bakterien und Pilzen liefert immer wieder interessante Wirkstoffe. Bekannte Beispiele sind Cyclosporin (Immunsuppresivum bei Transplantationen), die Penicilline, oder jüngst Epothilon das 2007 als Krebsmedikament auf den Markt kam. Unserer MULITDISZIPLINÄR ausgerichtete Arbeitsgruppe beschäftigt sich mit der Biosyntheseuntersuchung und Targetidentifizierung neuer Wirkstoffe, z.B. des Abyssomicins (Angew. Chemie 2007), der Proximicine (Angew.Chem. 2008). Das Ziel unserer Arbeit ist das molekulare Target(protein) zu identifizieren und den Wechselwirkungsmechanismus aufzuklären.

Methoden:
Methoden der Proteinbiochemie: Proteinüberexpression, -aufreinigung und -isolierung (nativ und His-Tag), Enzymkinetik, Enzyminhibition (reversibel, irreversibel), Proteomics, alle Arten der Proteingelelektrophorese.
Methoden der Molekularbiologie: Cosmid-Genbänke, Sondenscreening, PCR (diverse Subtechniken), Kloniertechniken, DNA-Sequenzierung, site-directed mutagenesis, combinatorial biosynthesis, Geninaktivierung (gene knock-out).
Methoden der Biologischen Chemie: Peptidsynthese, Enzymsubstratsynthese, Inhibitordesign, -synthese und Inhibitorscreening, Mutasynthese, Precursor-directed biosynthesis.
Methoden der Bioanalytik Massenspektrometrie (ESI-QTOF/-Qtrap/Oribtrap/FT-ICR, nano-ESI), HPLC(mikroLS)-Kopplungstechniken, GC-MS, Aminosäurenanalytik, Fettsäurenanalytik, CD-Spektroskopie, präparative HPLC, Chromatographie (Größenausschluss-, Ionenaustausch-, Affinitätschromatographie).

Anfangsdatum: 14. März 2008

geschätzte Dauer: 3 Jahre Dissertation

Bezahlung: BATIIa/2 oder Stipendium

Veröffentlichungen:
z.Z. 65 Papers in international begutachteten Zeitschriften.
Keller, S., Schadt, H., Ortel, I., Süssmuth*, R.D. Action of atrop-abyssomicin C as an inhibitor of 4-amino-4-deoxychorismate synthase PabB Angew. Chem. 2007, 46, 8284-8286

Feifel, S.C., Schmiederer, T., Hornbogen, T., Berg, H., Süssmuth*, R.D.; Zocher*, R. In vitro synthesis of new enniatins: Probing the a -D-hydroxy carboxylic acid binding pocket of the multienzyme enniatin synthetase. ChemBioChem 2007, 8, 1767-1770

Homepage: http://www2.tu-berlin.de/fb5/Suessmuth/?L=0

Wir bieten ein gerätetechnisch und methodisch ausgezeichnet ausgestattetes Umfeld. Das Team von ca. 20 Mitarbeitern ist aus hochmotivierten und fachlich kompetenten Personen zusammengesetzt. Die Arbeitsatmosphäre ist ausgezeichnet und teamorientiert. Gemeinsame Aktivitäten: Arbeitskreisseminarwochenenden, Weihnachtsfeier, Arbeitskreisausflug, Tagungsbesuche, Firmenbesuche.
Unsere Arbeitsgruppe wird durch die Exzellenzinitiative der DFG (Exzellenzcluster „unyfying concepts in catalysis“ http://www.unicat.tu-berlin.de/) gefördert.

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